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水污染防治
（法律）
1.水污染防治法（96.12.12.）

（法規命令）
2.水污染防治法施行細則（95.04.14.）
3.放流水標準（98.07.28.）
4.海洋放流水標準（92.12.17.）
5.土壤處理標準（95.10.16.）
6.預鑄式建築物污水處理設施管理辦法（98.09.17.）
7.加油站防止污染地下水體設施及監測設備設置管理辦法（95.07.04.）
8.違反水污染防治法按日連續處罰執行準則（92.07.23.）
9.地面水體分類及水質標準（87.06.24）
10.環境檢驗測定機構管理辦法（98.04.07.）
11.環境保護專責單位或人員設置及管理辦法（97.02.27.）
12.水污染防治各項許可申請收費標準（93.07.14.）
13.事業或污水下水道系統排放廢（污）水緊急應變辦法（94.08.26.）
14.水污染防治費費率審議委員會設置辦法（94.11.03.）
15.水污染防治費收費辦法（95.08.17.）
16.水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法（95.10.16.）
17.水污染防治措施及檢測申報管理辦法（95.10.16.）
18.違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則（97.05.13.）

（行政規則）
1.水體水質監測站設置及監測準則（84.08.23）
2.水污染防治法修正公布施行後過渡期間執行原則（91.07.05）
3.高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分水源保護區養豬戶（場）依法拆除補償基準（89.08.29）
4.高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分水源保護區養豬戶（場）依法拆除辦理補償注意事項（90.10.08）
5.高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分水源保護區養豬戶（場）依法拆除辦理補償注意事項補充規定（89.08.29）
6.高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分水源保護區合法零排放低污染養豬戶(場)專案查估補償與認定原則（90.06.28）
7.修正「事業及污水下水道系統廢（污）水處理設施操作及放流水水質水量申報作業注意事項」應申報之水質項目（87.10.23）
8.公有土地放領影響水源涵養國土保安及自然保育認定作業要點（87.04.15）
9.預鑄式建築物污水處理設施審核作業要點（88.11.25）
10.主管機關受理污水下水道系統水污染防治許可申請審查指引暨發證作業注意事項（84.04.01）
11.行政院環境保護署淡水河系污染整治計畫推動小組設置要點（95.10.20.）
12.地下水水質監測井設置規範（89.02.15）
13.重金屬污染源事業污染管制大執法行動專案計畫執行作業要點（91.01.23）
14.地下水水質監測井設置規範（91.12.27）
15.違反水污染防治法通知限期改善或補正裁量基準（95.05.01.）
16.執行違反水污染防治法案件裁處書（95.08.09.）
17.建築物污水處理設施放流口設置期限（96.03.02.）
18.受委託機關辦理水污染防治措施計畫及廢（污）水排放許可證（文件）審核作業查核管理要點（96.04.02.）
19.主管機關函文通知放流口改設置於放流池後，爾後主管機關可逕於放流池採樣，並以其結果作為處分依據（96.08.17.）
20.許可證變更，涉及須進行功能測試者，辦理程序（96.09.14.）
21.「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」第六十條第二項水質檢測方式補充規定（96.11.02.）
22.「水污染防治法」第十八條解釋令（96.11.06.）
23.「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」第三十一條解釋令（97.01.15.）
24.「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」第六十七條解釋令（97.01.14.）
25.「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」第六十八條解釋令（97.02.20.）
26.「水污染防治法」第二條解釋令（97.02.21.）
27.未依「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」第八條規定收集處理逕流廢水，處分適用之補充規定（97.04.10.）
28.累計型水量計測設施設置，及室內貯油場之地上油品貯存設施防溢堤設置之管理規定（97.05.12.）
29.水污染事件緊急應變及聯防體系作業要點（97.06.18.）
30.委託執行事業水污染合理性分析及科學蒐證作業（97.09.12.）
31.既設加油站之地下儲槽系統「更新」之適用範圍與新設加油站之地下儲槽系統採密閉測試監測其報告之適用性，其法令規定補充說明(97.10.16.)
32.採礦業、土石採取業、土石加工業、水泥業、土石方堆（棄）置場及營建工地設置沉砂池之管理規定（98.10.08.）